Машинобудівний інститут Національного університету кораблебудування (НУК) імені адмірала Макарова створено у травні 2004 року на основі машинобудівного факультету. Прообразом майбутнього Машинобудівного інституту стало механічне відділення політехнічного технікуму, утворене у 1924 році (ця дата вважається роком заснування машинобудівного інституту). За роки його існування підготовлено більше 23 тисяч фахівців для різних галузей народного господарства. Багато з них стали відомими державними та громадськими діячами, керівниками промислових підприємств, науково-дослідних організацій, різних навчальних закладів, професіоналами високого ґатунку.
Машинобудівний інститут готує фахівців, які здатні проектувати, виготовляти та експлуатувати на сучасному рівні весь спектр енергетичного обладнання, призначеного як для забезпечення функціонування суден та споруд океанотехніки, так і для використання у найрізноманітніших галузях сучасного суспільства. В інституті навчаються біля 2000 студентів денної та заочної форми навчання на бюджетній і контрактній засадах. Підготовка фахівців проводиться за освітньо-кваліфікаційними рівнями: бакалавр, спеціаліст, магістр.
Сьогодні Машинобудівний інститут це два факультети, вісім кафедр (7 із них випускні), на яких працюють 100 штатних викладачів, в тому числі 14 професорів, з них 9 докторів наук, 7 професорів НУК, 54 кандидата наук, доцента.
Директор інституту професор, доктор технічних наук, академік Академії наук суднобудування України, академік Міжнародної академії морських наук та інновацій, член Міжнародного інституту горіння (США) Сербін С.І., заступник директора доцент, канд. техн. наук Чередніченко О.К. Декан енергетичного факультету, канд. техн. наук, професор Димо Б.В. Факультет механіки та екології очолює канд. техн. наук, проф. НУК Шумілов О.П.
До складу енергетичного факультету входять кафедри: суднових та стаціонарних енергетичних установок; технічної теплофізики та суднових паровиробних установок; турбін; кондиціювання та рефрижерації. Факультет механіки та екології містить кафедри: екології; двигунів внутрішнього згоряння; технології суднового машинобудування; механіки та конструювання машин.
На кафедрах Машинобудівного інституту працюють відомі науковці та викладачі: ректор НУК, д-р техн. наук, професор, зав. каф. екології Рижков С.С., Заслужений працівник освіти України, канд. техн. наук, професор, зав. каф. ССЕУ Горбов В.М., канд. техн. наук, професор, зав. каф. ТТ і СПУ Димо Б.В., д-р техн. наук, професор, зав. каф. ТСМ Каіров О.С., канд. техн. наук, професор НУК Кіпреєв Ю.М., Заслужений діяч науки і техніки України, д-р техн. наук, професор Левенберг В.Д., канд. техн. наук, професор НУК Москальов А.П., канд. техн. наук, професор НУК Мошенцев Ю.Л., канд. техн. наук, професор НУК Наливайко В.С., д-р техн. наук, професор, зав. каф. М та КМ Попов О.П., д-р техн. наук, професор, зав. каф. К та Р Радченко М.І., Заслужений діяч науки і техніки України, д-р техн. наук, професор, зав. каф. турбін Романовський Г.Ф., д-р техн. наук, професор, директор Машинобудівного інституту Сербін С.І., канд. техн. наук, професор Соловйов С.М., д-р техн. наук, професор, зав. каф. ДВЗ Тимошевський Б.Г., канд. техн. наук, професор Трунін С.Ф., канд. техн. наук, професор НУК Чегрінцев Ф.О., д-р техн. наук, професор Шевцов А.П., канд. техн. наук, професор Шостак В.П. канд. техн. наук, професор НУК Шумілов О.П. та інші.
Професорсько-викладацький склад Машинобудівного інституту бере участь у роботі Академії наук суднобудування України, Міжнародної Академії морських наук, технологій та інновацій, Академії інженерних наук України, Королівського Товариства суднобудування Великобританії та Інституту морської техніки, науки і технологій Великобританії, Королівської академії докторів Іспанії, Американського інституту горіння. Науковці та викладачі інституту приймають активну участь у міжнародних конференціях, симпозіумах та конгресах. Наукові дослідження структурних підрозділів Машинобудівного інституту відповідають напрямкам наукової діяльності НУК і забезпечують розв'язання завдань народного господарства, у першу чергу, проблем енергомашинобудування, екології та енергозбереження. Кафедри МІ спільно з дирекцію інституту та керівництвом університету проводять активну роботу з організації наукових конференцій. Так Міжнародні конференції «Проблеми екології та енергозбереження в суднобудуванні», «Суднова енергетика: стан та проблеми», «Сучасні проблеми триботехніки», які входять у плани Міністерства освіти й науки України проводяться регулярно (раз на два році) з виданням збірників матеріалів конференцій. В 2010 році заплановані дві нові конференції – «Проблеми сучасного двигунобудування» та «Актуальні проблеми прикладної механіки та міцності конструкцій».
Професорсько-викладацький склад машинобудівного інституту забезпечує підготовку бакалаврів, спеціалістів та магістрів у базовому навчальному закладі, а також приймає активну участь у підготовці фахівців у Херсонській філії, Первомайському та Феодосійському політехнчних інститутах, навчально-консультаційних пунктах НУК в м. Київ, Токмак, центрі дистанційної освіти у м. Южно-Українськ. У Машинобудівному інституті навчаються іноземні студенти більш ніж з десяти країн світу.
Однією зі сторін діяльності Машинобудівного інституту завжди була активна видавницька діяльність, тому більшість навчальних дисциплін студенти вивчають за підручниками, які написали їх викладачі. За останні п’ять років видано 30 найменувань підручників, монографій та навчальних посібників з грифом Міністерства освіти і науки України. Загальний обсяг видань перевищує 2000 друкованих аркушів.
На кафедрах Машинобудівного інституту розроблені та впроваджуються в навчальний процес сучасні форми та технології навчання, використання комп’ютерних технологій, у тому числі сучасних CAD/CAM/CAE/PDM рішень, локальні комп’ютерні мережі кафедр для консультування студентів; використання мультимедійних технологій та підготовка електронних конспектів лекцій; включення у навчальний процес матеріалів наукових досліджень наукових колективів кафедр.
Машинобудівний інститут має відповідну лабораторну базу (37 лабораторій та 24 спеціалізованих кабінети), яка дозволяє закріплювати теоретичні знання студентів (забезпечує виконання лабораторних робіт з усіх дисциплін професійного спрямування), а також проводити науково-дослідну роботу.
Студенти першого та другого курсів інституту навчаються у Головному корпусі університету (проспект Героїв Сталінграду, 9). Починаючи з третього курсу навчальний процес відбувається головним чином у Старому корпусі університету (вул. Скороходова, 5). З цього будинку, якому у 2009 році виповнилось 105 років, починається історія кораблебудівної освіти у м. Миколаєві і загалом в Україні. До середини 60-х років тут розміщувався весь Миколаївський кораблебудівний інститут зі всіма своїми факультетами, кафедрами, лабораторіями, кабінетами, бібліотеками, службами.
Комп’ютерний клас загального користування оснащений сучасним обладнанням, що дозволяє студентам отримувати навички та вміння з використання найсучасніших систем автоматизованого проектування. Корпус оснащено точками Wi-Fi доступу до мережі Internet, а в навчальному процесі використовується сучасне мультимедійне обладнання.
Студенти забезпечуються гарячим харчуванням у поновленій їдальні Машинобудівного інституту. У спеціальному приміщенні в корпусі інституту на першому поверсі розміщений буфет.
У Машинобудівному інституті створені всі умови для навчання та дозвілля студентів.

Кафедри та дирекція Машинобудівного інституту мають зворотний зв’язок з випускниками, слідкують за їх професійним зростанням, надалі розподіляють до них студентів на виробничі практики, що сприяє обміну знань між студентами і молодими спеціалістами, що працюють на підприємствах. Такі взаємовідносини сприяють підйому ділових та практичних навичок у студентів, а також заохочують робітників підприємств до залучення випускників до роботи.
В Машинобудівному інституті відкрита аспірантура для спеціальностей: 05.05.03 Двигуни та енергетичні установки; 05.02.08 Технологія машинобудування; 01.02.04 Механіка деформівного твердого тіла; 03.00.16 Екологія.