Виникнення і розвиток бухгалтерського обліку є невід’ємною складовою частиною всієї історії суспільства. Без спеціалістів цифр та звітів неможливо обійтись навіть на самих маленьких підприємствах, тому не дивно що бухгалтерія університету почала свою роботу з моменту його заснування.
Головними бухгалтерами в університеті працювали в різні часи:
- Яків Михайлович Кітаїн (був нагороджений медаллю «За доблестный труд в Великой Отечественной войне 1941-1945гг.) з 23.10.26р. по 19.06.1960р.
- Валентина Петрівна Пєтухова 20.06.1960р. по 10.11.1964р.
- Василь Павлович Задорожний з 11.11.1964р. по 01.04.1973р.
- Олександра Іванівна Сорокіна з 02.04.1973р. по 26.07.1991р.
- Аделіна Олексіївна Голованова - 10.07.1991р. по 9.11.1993р.
- Ірина Андріївна Зіміна з 10.11.1993р. по 07.11.2008р.
На сьогоднішній день бухгалтерія НУК ім. адм. Макарова є провідним сучасним структурним підрозділом університету, який налічує 18 працівників, кожний з них є досвідченим, висококваліфікованим спеціалістом у своїй справі.

З листопада 2008 року колектив бухгалтерії очолює головний бухгалтер
Яковлева Ірина Георгіївна, яка закінчила у 1990 році Одеський інститут народного господарства (нині Одеський державний економічний університет). З 1993 року працювала в університеті спочатку на посаді економіста ПФВ, потім з 1994р. економістом в бухгалтерії по договірній та претензійній роботі зі студентами-контрактниками та орендарями.
На посаді заступника головного бухгалтера з листопада 2008р. працює Радутна І.Ю., яка закінчила у 1991 р. Миколаївський сільськогосподарський інститут (нині Миколаївський аграрний університет).
До складу бухгалтерії входять групи:
- обліку розрахунків по заробітній платі з робітниками та службовцями – Гресь Т.Б., Майгур Т.А., Савун Л.І.
- обліку розрахунків зі студентами по стипендії – Хопта В.М., Потапенко Л.С.
- обліку матеріальних цінностей – Жело Н.П., Петрова О.І., Кракосевич В.І.
- обліку витрат по фінансуванню загального та спеціального фонду державного бюджету – Майгур О.А., Чижик Н.О.
- обліку наукових-дослідних та господарських розрахункових операцій – Богомолова Т.В., Коробанова Т.В.
- обліку розрахунків з постачальниками та підрядниками – Перило А.О.
Ведення обліку надходжень від студентів, які навчаються за контрактною формою навчання доручено Шевченко Н.М.
З метою оптимізації роботи архіву, надання своєчасної та достовірної інформації по архівним довідкам по заробітній платі, для посилення контролю та впорядкуванням оформлення пенсійних документів в архіві університету працює відповідальний та досвідчений бухгалтер Смільницька Н.М.
З 1964 року у складі бухгалтерії працює невтомна трудівниця Булатова Л.А., яка з задоволенням навчає молодих бухгалтерів, передає свій багатий досвід, завжди готова надати кваліфіковану допомогу молодим спеціалістам.
Сучасна бухгалтерія університету – це досвідчені висококваліфіковані кадри, оновлена комп’ютерна техніка, впроваджені новітні комп’ютерні програми (1:С Бухгалтерія), які постійно оновлюються, та високій рівень обслуговування студентів та співробітників університету.